new5

بررسی ساختار تنوع ژنتیکی جمعیت های گندم نیای وحشی Aegilops crassa در ایران با استفاده از نشانگرهای بین ریزماهواره ژنومی و صفات ریختی

59,000تومان

توضیحات

دانلود و مشاهده قسمتی از متن کامل پایان نامه :

توسط:
…..

استاد راهنما:
دکتر علی اشرف مهرابی

اساتيد مشاور:
دکترعلي آرمینیان
دکترآرش فاضلی

شهریور 1393

تقديم به:
پدربزرگوارم
که استقامت و پشتکارش شهامت زيستن و تلاش رادر من پرورش داد.
مادرعزیزم،
آيينه افتادگي، مهرباني، صبر و پارسايي که زندگي ام همه برايش رنج بوده و وجودش همه برايم مهر.
خواهرانم
واژه پرمعناي زندگي ام
برادرانم (علی و وحید)
اميد و ستون هاي زندگانيم

چکیده
گیاه Aegilops crassa ،دارای دو سیتوتیپ تتراپلوئید وهگزاپلوئید با ژنوم ( 2n=2x=28 McrMcrDcr1Dcr1 ) و (2n=6x=42 McrMcrDcr1Dcr1 Dcr2Dcr2 ) است. این گیاه یکساله و متعلق به خانواده گرامینه و طایفه Triticeae می باشد. بررسی تنوع ژنتیکی در ژرم پلاسم گیاهی پیش نیاز هر برنامه ی اصلاحی یا حفاظتی گیاهان است. این تحقیق به منظور بررسی تنوع ژنتیکی بین 16 جمعیت Ae.crassa با استفاده از 10 آغازگر ISSR انجام شد. DNA ژنومی از گونه ها در مرحله ی دو تا سه برگی به روش CTAB با اندکی تغییرات استخراج و نتایج تکثیر با آغازگرهای مختلف روی ژل آگاروز 5/1 درصد مشاهده شدند. باندهاي تکثير شده به صورت حضور باند (يک) و عدم حضور باند (صفر) امتيازدهي و با نرم افزارهای مولکولی و آماری، تجزیه و تحلیل داده ها انجام گرفت. همچنین این آزمایش در قالب طرح آزمایشی اگمنت (در 3 بلوک) در مزرعه تحقیقاتی دانشکده کشاورزی دانشگاه ایلام انجام شد. از میان نمونه‌های ارزیابی شده سه نمونه که دارای بذر بیشتری بودند به عنوان شاهد استفاده شدند. نتایج تکثیر DNA ژنومی با استفاده از آغازگرهای ISSR، در مجموع 105 آلل تولید کرد که از این تعداد 86 آلل (9/81 درصد)، به عنوان آلل چندشکل تشخیص داده شد. اندازه آلل های تکثیر شده از 190 (آغازگر UBC840) تا 1500 جفت باز (آغازگر 12،14) بود. محتوای اطلاعات چندشکلی از 17/0 در آغازگر UBC842 تا 34/0 برای آغازگر 12 متفاوت بود. همچنین با استفاده از نشانگر ISSR به ترتیب بیشترین و کم ترین درصد باندهای چندشکل در جمعیت IUGB-00319 (05/39 درصد) و IUGB-01564 (48/10درصد) مشاهده گردید. جمعیت IUGB-00319 بالاترین شاخص تصحیح شده هتروژنی و میزان شاخص شانون را به خود اختصاص داد. آنالیز واریانس مولکولی نشان داد که سطح بیشتری از تنوع به درون جمعیت ها (53 درصد) تعلق داشت، درحالی که (47 درصد) تنوع در بین جمعیت ها مشاهده گردید. همچنین تجزیه خوشه ای داده‌ها با استفاده از ماتریس شاخص Nei با الگوریتم Nj انجام شد. دندروگرام بدست آمده جمعیت ها را به سه گروه و زیر گروه هایی تقسیم نمود و تا حدی عدم ارتباط بین تنوع مولکولی و تنوع جغرافیایی را نشان داد. نتایج این تحقیق نشان می دهد که نشانگرهای ISSR برای ارزیابی میزان تنوع ژنتیکی در آژیلوپس کراسا مفید است.

کليدواژه: نشانگرISSR، ، تنوع ژنتيکي، گونه Ae.crassa ، طرح آگمنت

فهرست مطالب
عنوان

فهرست جدول ها ص
فهرست شکل ها ط
فصل اول (مقدمه و اهداف) 1
1-1- مقدمه 2
1-2- اهداف 7
فصل دوم (کليات و مرور منابع) 8
2-1- اهمیت منابع ژنتیکی 9
2-2- طبقه بندی منابع ژنتیکی گیاهی 9
2-2-1- گونه‌های وحشی 9
2-2-2-گونه های زراعی 10
2-3- مناطق پراکنش جنس آژیلوپس 10
2-4- مناطق پراکنش گونه Ae.crassa 11
2-5- طبقه بندی گونه Ae.crassa 11
2-6- تنوع ژنتیکی و اهمیت شناخت آن 12
2-7- منشاء تنوع ژنتیکی……………………………………………………………..13
2-8- اهميت بررسي تنوع ژنتيکي 13
2-9- کاربردهاي بررسي تنوع ژنتيکي 14
2-9-1- بررسي هاي فيلوژنتيکي 14
2-9-2- ژنتيک جمعيت 14
2-9-3-مديريت گياهان وحشي 14
2-9-4- مدیریت منابع ژنتیکی 15
2-9-4-1- کلکسیون های ذخائر ژنتیک گیاهی 15
2-9-4-1- کنترل بیماری های گیاهی 15
2-10- روش های ارزیابی تنوع ژنتیکی 16
2-11- نشانگرهای ژنتیکی 16
2-11-1- نشانگرهای مورفولوژیک 16
2-11-2- مزایا و معایب نشانگرهای مورفولوژیک 17
2-11-3- نشانگرهای مولکولی 18
2-11-3-1- خصوصیات مناسب یک نشانگر مولکولی 19
2-11-3- 2-اهمیت نشانگرهای مولکولی DNA 19
2-11-3-3- نشانگرهای بیوشیمیایی 20
2-11-3-4- نشانگرهای مبتنی بر DNA 20
2-11-3-5- نشانگرهای DNA غیر مبتنی بر PCR 21
2-11-3-6- نشانگرهای DNA مبتنی بر PCR 22
2-11-3-7- نشانگرهای DNA مبتنی بر PCR هدفمند و توالی یابی 22
2-12- نشانگرهای مولکولی ISSR 23
2-12-1- علل ايجاد چندشکلي حاصل از نشانگر مولکولي ISSR 25
2-12-1-1- نمونه DNA 25
2-12-1-2- ماهیت آغازگر 25
2-12-1-3- روش مورد استفاده براي تشخيص باندها 26
2-12-2- مزایای نشانگرهای ISSR 26
2-12-2-1- تکرارپذیری بسیار بالا 26
2-12-2-2- دقت بالا 27
2-12-2-3- تنوع بالا 27
2-12-2-4- هزینه پایین 27
2-12-2-5- سرعت و سهولت اجرا 27
2-12-3- معایب نشانگرهای ISSR 27
2-12- 4- انواع نشانگرهاي ISSR 28
2-12-4-1-تکنیک MP-PCR 28
2-12-4-2- تکنیک F-ISSR 28
2-12-5-کاربرد نشانگرهاي مولکولي ISSR 29
2-12-5-1- انگشت نگاري ژنومي 29
2-12-5-2- مطالعات تنوع ژنتيکي و تجزيه و تحليل فيلوژنتيکي 29
2-12-5-3- نقشه يابي ژنتيکي 30
2-12-5-4- نشانمند کردن ژن و انتخاب به کمک نشانگر 30
2-12-5-5- مشخص کردن فراواني توالي هاي ريزماهواره اي 30
2-12-5-6- کاربرد نشانگرهای ISSR در شناسايي و رده بندي گونه ها 31
2-13- تجزيه و تحليل تنوع ژنتيکي 31
2-14- تخمين فاصله ژنتيکي 32
2-14- 1- روش گروهبندی افراد یا جمعیت ها 32
2-14-1-1-تجزیه خوشه ای 33
2-14-1-2- تجزیه به مختصات اصلی (PCoA) 34
2-14-2- معيارهاي سودمندي نشانگرها 34
2-14-2-1- محتوي اطلاعات چندشکلي 34
2-14-2-2- احتمال همساني 35
2-14-2-3- قدرت تفکيک 35
2-15- مروري بر مطالعات ژنتیکی و مورفولوژی انجام شده روی گونه های آژیلوپس 35
فصل سوم (مواد و روشها) 40
3 -1- مواد گياهي 41
3-2- آغازگرها 43
3-3- مکان و زمان انجام آزمايش مولکولی 43
3-4- عملیات زراعی 44
3 -4-1- مشخصات جغرافیایی محل انجام آزمایش مزرعه‌ای 44
3 -4- 2- طرح آزمایشی و مراحل اجرای آن 44
3 -5- استخراج DNA ژنومی 45
3-6- تعیین کمیت نمونه های DNA ژنومی 47
3 -7- تعیین کیفیت نمونه های DNA ژنومی 48
3 -8- روش تهیه آگاروز 8/0و 5/1 درصد برای تعیین کمیت وکیفیت و تفکیک قطعات تکثیر شده 48
3-9- آماده سازی نمونه ها واجرای الکتروفورز ژل آگاروز 49
3-10- اجزای واکنش زنجیره ای پلیمراز 50
3-11- سیکل حرارتی و مراحل واکنش زنجیره ای پلیمراز 50
3 -12-توان و زمان مورد نیاز برای الکتروفورز محصول PCR 51
3 -13- مواد تشکیل دهنده بافرTE 52
3-14- تهیه بافر TAE10X 52
3 -15- اتیدیوم بروماید 53
3 -16- رنگ بارگذاری 53
3 -17- مراحل رنگ آمیزی تا ظاهرسازی قطعات تکثیر شده 53
3-18- تجزیه وتحلیل داده ها 54
3-18-1- امتیازبندی باندهای حاصل از داده های مولکولی 54
3-18-2- تجزیه خوشه ای و آنالیز مولکولی………54
فصل چهارم(بحث و نتیجه-گیری)……..55
4-1- نتایج استخراج DNA ژنومی 56
4 -2- نتایج واکنش زنجیره ای پلیمراز 56
4 -3- محاسبه چندشکلی نشانگرهای ISSR 58
4-4- محاسبه محتوای اطلاعات چندشکلی نشانگرهای ISSR 59
4-5- محاسبه شاخص نشانگر(MI) نشانگرهای ISSR…….60
4 -5- محاسبه ضرایب همبستگی کوفنتیک 61
4-6- ترسیم دندروگرام جمعیت های Ae.crassa 62
4-7- تجزیه به مختصات اصلی با استفاده از نرم افزار DARWin وترسیم نمودار سه بعدی جمعیت ها با نرم افزار Minitab 63
4-8- محاسبه فاصله ژنتیکی درون و بین جمعیت های Ae.crassa 64
4-9- محاسبه ماتریس فاصله و تشابه ژنتیکی شاخص Nei …..66
4 -10- میزان آلل های چندشکل در جمعیت های Ae.crassa 69
4-11- محاسبه شاخص های ژنتیکی در جمعیت های Ae.crassa 70
4 -12- تجزیه واریانس مولکولی 71
4-13- بررسی صفات مورفولوژی 72
4-13-1- همبستگی ساده فنوتیپی 72
4-13-2- تجزیه کلاستر (خوشه-ای)…..74
4-13-3- تجزیه به مولفه های اصلی 76
4 -13-4- تجزیه علیت (مسیر) 78
4-14- نتیجه گیری کلی مولکولی 80
4-15- نتیجه گیری کلی مورفولوژیکی……..81
4-15-1 پیشنهادات 83
منابع…..………………………………………………………………84

فهرست جدول ها

جدول 3-1- نمونه هاي آژیلوپس کراسا استفاده شده در اين تحقيق………..44
جدول 3-2-آغازگرهاي ISSR استفاده شده در اين تحقيق 42
جدول 3-3- خصوصیات فیزیکی و شیمیایی خاک محل اجرای آزمایش 43
جدول 3-4 اجزاء تشکيل دهنده بافر استخراج …….DNA46
جدول3-5- اجزاي مورد استفاده براي انجام واکنش PCR 50
جدول 3-6- چرخه حرارتي مورد استفاده جهت انجام واکنش PCR 51
جدول 3-7- مواد لازم جهت تهيه يک ليتر بافر TE 52
جدول 3-8- مواد لازم جهت تهيه يک ليتر بافر X10TAE 52
جدول 3-9- مراحل رنگ آميزي تا ظاهرسازي قطعات تکثير شده 53
جدول 4-1- درصد چندشکلی محاسبه شده برای هر آغازگردرتحقیق حاضر 59
جدول4-2- محتوای اطلاعات چندشکلی محاسبه شده برای هر آغازگر 60
جدول 4-3- ضرایب کوفنتیک حاصل از روش های مختلف برای نشانگر ISSR …………..61 جدول 4-4- فاصله ژنتیکی درون و بین جمعیت های Ae.crassa……. 65 جدول4-5 – ماتریس فاصله ژنتیکی Nei بین جفت جمعیت های Ae.crassa براساس نشانگر ISSR ………. 67 جدول4-6- ماتریس تشابه ژنتیکی Nei بین جفت جمعیت های Ae.crassa براساس نشانگر ISSR. …………….………………………………………………………… 68
جدول 4-7-میزان آلل های چندشکل در جمعیّت های Ae.crassa……69 جدول 4-8- محاسبه شاخص های ژنتیکی درجمعيت آجیلوپس کراسا با استفاده از نرم افزا ر GenAlEx ……………….………………………………………………. 70

عنوان و شماره صفحه جدول 4-9- تجزیه واريانس مولکولي جمعیت Ae.crassa 71
جدول 4-1- ضرایب همبستگی بین صفات ارزیابی شده Ae.crassa 73
جدول4-11- سطوح تشابه و فاصله روی 16 جمعیت Ae.crassa با استفاده از تجزیه کلاسترسلسله مراتبی(آشیانه ای) 74
جدول4-12- بردارهای مشخصه برای متغیرهای ارزیابی شده با استفاده از تجزیه به مؤلفه های اصلی…..77
جدول 4-13- تجزیه ضرایب علیت اثرات مستقیم و غیرمستقیم متغیرهای ارزیابی شده روی عملکرد دانه………………….………………………………………………………………………. 79

فهرست شکل ها
عنوان و شماره

شکل2-1- تصویر شماتیک از ISSR-PCR 24
شکل3-1- نمایی از مزرعه آزمایشی………..45
شکل 4-1- نتایج استخراج DNA ژنومی 16 جمعیت Ae.crassa….. 56 شکل 4-2- آلل های حاصل از تکثیر DNA جمعیت های مختلف توسط آغازگرISSR……. 56 شکل 4-3- دندروگرام حاصل از 105 آلل تکثیر شده در 16 جمعیت Ae.crassa با استفاده از ماتریس حاصل از شاخص Nei با الگوریتم اتصال مجاور….. . 63 شکل4-4- نمودار سه بعدی حاصل از تجزیه به مختصات اصلی 16 جمعیت Ae.crassa با استفاده از داده‌های حاصل از نشانگر ISSR ، بر روی سه مختصات اول،دوم وسوم……. 64 شکل 4-5- ميزان درصد تغييرات درون و بين جمعيت هاي Ae.crassa………. 72 شکل4-6- دندروگرام حاصل از تجزیه کلاستر متغیرهای ارزیابی شده روی جمعیت Ae.crassa …………………………………………………………………….. 75 شکل 4-7- اسکری پلات برای متغیرهای ارزیابی شده در Ae.crassa……. 76

1-1- مقدمه
ایران یکی از غنی ترین مراکز دنیا از نظر ذخایر ژنتیکی گیاهی محسوب می‌شود. به عقیده گیاهشناسان ایرانی حدود 10 الی 12 هزار گونه گیاهی در ایران وجود دارد که آن را به عنوان یکی از غنی ترین مراکز تنوع ذخایر توارثی گیاهی در جهان ساخته است.گونه های وحشی به لحاظ داشتن ژن های مفید برای مقاومت به تنش های زنده و غیرزنده و گسترش سازگاری ژنتیکی در برابر تغییرات محیطی دارای اهمیت می‌باشند. برای استفاده از این منابع، اطلاع از ماهیت و میزان تنوع موجود در ژرم‌پلاسم، از اهمیت ویژه‌ای برخوردار است [108] . بررسی تنوع ژنتیکی در گیاهان زراعی برای برنامه های اصلاحی و حفاظت از ذخایر توارثی، حیاتی بوده و اطلاع از سطح تنوع ژنتیکی در گونه گیاهی برای انتخاب والدین جهت رسیدن به هیبرید مناسب از اهمیت زیادی برخوردار است [109]. بررسی تنوع ژنتیکی همچنین از جنبه مدیریت موثر و حفظ منابع ژرم پلاسم دارای اهمیت می‌باشد [96]. روش‌هایی که برای تخمین تنوع ژنتیکی مورد استفاده قرار گرفته‌اند متفاوت می‌باشند. از جمله‌ی آن‌ها می توان ثبت شجره، خصوصیات مورفولوژیکی و نشانگرهای مولکولی را نام برد [41]. آگاهی از تنوع ژنتیکی ژرم‌پلاسم ها معیاری مناسب برای استفاده از آن‌ها در شناسایی و انتقال ژن‌ها در بهبود گیاهان زراعی می‌باشند [41]. تنوع ژنتیکی اساس بيشتر برنامه‌هاي اصلاحي بوده و انجام گزينش منوط به وجود تنوع ژنتيكي مطلوب از نظر ویژگیهای مورد بررسي مي‌باشد [32]. مطالعه تنوع ژنتيكي فرآيندي است كه تفاوت يا شباهت گونه‌ها، جمعيت‌ها و يا افراد را با استفاده از روش‌ها و مدل‌هاي آماري خاص بر اساس صفات مورفولوژيك، اطلاعات شجره‌اي یا خصوصيات مولكولي افراد بيان می‌کنند [32]. تعیین سطح تنوع ژنتیکی یکی از مراحل اساسی در مدیریت مؤثر و استفاده از ذخایر ژنتیکی می‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌باشد [96،23،7]. منابع ژنتيكي يا ذخاير توارثي به دليل اهميت فراواني كه دارند يكي از ارزشمند ترين ثروت هاي ملي و منابع پايه اي در هر كشور محسوب مي‌شوند [1]. یکی از عواقب اصلاح‌نباتات موفق، افزایش فرسایش یا کاهش منابع ژنتیکی گیاهی بوده که تحت برنامه انتخاب قرار گرفته‌اند. در سال های اخیر عوامل بسیار زیادی در فرسایش ژنتیکی و نابودی ذخایر ژرم‌پلاسم نقش داشته‌اند [16]. استفاده از واریته‌های اصلاح شده بجای واریته‌های بومی، اعمال روش‌های مدرن زراعی مانند استفاده از سموم علف‌کش، پیشرفت شهرها و مراکز صنعتی، مسکونی شدن زمین های زراعی و مرتعی، تغییر روش های کشت و سایر عواملی که منجر به فرسایش و انقراض مواد با ارزش می‌شوند که به‌طور مستقیم وغیر مستقیم در کشاورزی و اصلاح نباتات قابل استفاده هستند. بنابراین حفاظت و استفاده از منابع ژنتیکی گیاهی برای بقا و بهبود تولیدات زراعی ضروری بوده و به عنوان نیازی اساسی در توسعه پایدار و کاهش فقر محسوب می‌شود. تنوع ژنتیکی اساس اکثر برنامه های اصلاح نباتات می‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌باشد [111،74،7]. موفقیت در اصلاح یک گیاه زراعی، در درجه اول به دسترسی تنوع ژنتیکی موجود در آن گیاه بستگی دارد، ضمن اینکه تنوع ژنتیکی یکی از ارکان اصلی کشاورزی پایدار است و وجود تنوع ژنتیکی در نظام‌های زراعی با درس گرفتن از طبیعت باید همواره مد نظر قرار گیرد. مدیریت و استفاده صحیح از تنوع موجود در ارقام محلی و خویشاوندان وحشی یک گونه گیاهی در اجرای برنامه‌های موثر اصلاحی بسیار مهم است. اولین قدم در اصلاح یک گیاه، شناسائی دقیق ساختار ژرم‌پلاسم آن گیاه است که این مطلب خود نمونه‌گیری منظم و دقیق از ژرم‌پلاسم را برای اهداف اصلاحی و حفاظتی امکان پذیر خواهد ساخت. کاهش تنوع علاوه بر کاهش بازده برنامه های اصلاحی، باعث یکنواختی ژنتیکی در مزارع و آسیب‌پذیری شدید محصولات کشاورزی در برابر آفات، بیماری‌ها و تنش‌های محیطی می‌گردد. خویشاوندان وحشی گیاهان، دربردارنده منابع ژنی با ارزش برای مقاومت به تنش‌های زنده و غیرزنده می باشند.
توده‌هاي وحشي و نژادهاي بومي از مهم‌ترين منابع تنوع ژنتيکي در دسترس مي‌باشند [26]. اهلي‌سازي جمعيت‌هاي برتر انتخاب شده از بين تعداد زيادي توده مي‌تواند پيشرفت قابل توجهي در تأمين نياز صنايع وابسته بدون نياز به روش‌هاي پرهزينه و گران اصلاحي ايجاد نمايد [26]. اهلي‌کردن، فرآيندي طولاني است، اما با انتخاب مناسب در شروع به شدت بر سرعت آن افزوده مي‌شود [26]. بنابراين، با بررسي تنوع موجود، آگاهي از ساختار ژنتيکي جمعيت و بررسي تنوع فنوتيپي و ويژگي‌هاي شيميايي مي‌توان در بين توده‌هاي طبيعي به انتخاب، به‌عنوان اولين روش اصلاحي در طي اهلي‌کردن پرداخت [26]. تنوع ژنتيکي، کليدي براي به‌نژادي گياهان است. دانش روابط ژنتيکي بين توده‌هاي مختلف به مديريت ژرم‌پلاسم کارآمد و استراتژي‌هاي بهره‌برداري کمک بزرگي مي‌نمايد. تنوع ژنتيکي گياهان طي هزاران سال ايجاد شده و در طبيعت به صورت پايدار باقي مانده است [26].
ارقام بومی گیاهان زراعی و خویشاوندان وحشی آن‌ها، به دلیل قدمت و سازگاری‌شان به شرایط زیستی و عوامل نامسائد محیطی دارای مناسب‌ترین ژن‌ها بوده وتنوع ژنتیکی مورد نیاز اصلاح گیاه را تأمین می‌نماید [13]. تعیین میزان تنوع ژنتیکی در مواد گیاهی گام اولیه برای شناسایی، حفظ ونگهداری ذخایرتوارثی ونیز پایه اساسی و اولیه برای تحقیقات ژنتیکی و برنامه‌های اصلاحی می‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌باشد [27].
گیاه Aegilops crassa،دارای دو سیتوتیپ تتراپلوئید وهگزاپلوئید با ژنوم ( 2n=2x=28 McrMcrDcr1Dcr1) و (2n=6x=42 McrMcrDcr1Dcr1 Dcr2Dcr2 ) است [44]. تجزیه جفت شدن کروموزوم‌های میوزی در هیبریدهای بین سیتوتیپ‌های تتراپلوئید وهگزاپلوئید Ae. crassa بیانگر آن است که فرم هگزاپلوئید از هیبریداسیبون بین فرم تتراپلوئید Ae. crassa و Ae. tauschii حاصل گردیده است. اما در حال حاضر منشأ سیتوتیپ تتراپلوئید Ae. crassa را نمی‌توان با دقت تعیین کرد [69]. گیاهی یکساله و متعلق به خانواده گرامینه یا پواسه و طایفه تریتیسه می‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌باشد، این گونه به عنوان یک علف هرز شایع در مزارع گندم نان دیده می‌شود [57،56]. آژیلوپس کراسا در ترکیه، فلسطین، سوریه، اردن، ایران، عراق، لبنان، افغانستان، ترکمنستان و پامیر و کوه‌های آلتای پراکنده است، در ایران دارای دامنه پراکنش بسیار وسیعی بوده و از دامنه‌های البرز در شرق کشورتا شمال غرب در آذربایجان غربی وبر روی دامنه‌های رشته‌کوه زاگرس تا سواحل جنوبی در ارتفاعات استان بوشهر وهرمزگان می‌روید [101،40]. این گونه به عنوان یک منبع صفات مفید از قبیل تحمل به شوری، مقاومت به آفت و تحمل به سرما شناخته شده است [87،4]. مطالعه‌ی گونه‌های آژيلوپس در نقاط مختلف دنیا نشان می‌دهد که این گونه‌ها منابع ژنتیکی بی‌نظیری برای اصلاح گندم می‌باشند [33،17].
توده‌هاي بومي يک گياه، ژرم‌پلاسم مناسبي براي برنامه‌هاي اصلاحي محسوب مي‌شوند. بررسي تنوع ژنتيکي در گياهان از طريق بررسي صفات مورفولوژيکي و بيوشيميايي همواره متداول بوده است. باتوجه به اينکه اندازه‌گيري صفات مورفولوژيکي نياز به صرف وقت، انرژي و هزينه زيادي دارد و به دليل تاثير عوامل محيطي بر بيان ژن و بروز صفات، بررسي تنوع ژنتيکي از طريق بررسي ويژگي‌هاي مورفولوژيکي روش قابل اعتمادي براي تعيين تفاوت‌هاي ژنتيکي نيست [8]. برای بررسی تنوع ژنتیکی می‌توان از نشانگرهای مورفولوژیکی، پروتئینی و نشانگرهای مولکولی استفاده نمود [113،102]. بررسی تنوع ژنتیکی در گیاهان، از طریق صفات مورفولوژیکی متداول بوده است [3]. با این وجود نشانگرهای مورفولوژیکی دارای معایب زیادی می‌باشند. از جمله این که تحت تأثیر شرایط محیطی و مرحله‌ی رشد موجود قرار می‌گیرند و پایداری کمی دارند [29]. بنابراین استفاده از نشانگرهای مولکولی یکی از ابزارهای بسیار مهم و قوی در زمینه بررسی تنوع ژنتیکی و انگشت نگاریDNA می‌باشدکه در ارزیابی روابط خویشاوندی ژنتیکی، انتخاب گیاهان برتر و بررسی شباهت یا تفاوت بین نمونه‌های مختلف کاربرد دارند [27]. همچنین استفاده از این نشانگرها در مدیریت ژرم‌پلاسم و انتخاب براساس نشانگر (MAS)، برای افزایش کارایی اصلاح و تکثیر ژرم‌پلاسم مفید می‌باشد [27]. انتخاب نوع نشانگرهای مولکولی به تکرارپذیری و سادگی روش کار آن بستگی دارد. بهترین نشانگری است که دارای هزینه اجرای پایین و قابلیت اعتماد بالایی باشد. نشانگرهای مولکولی به دو دسته نشانگرهای بیوشیمیایی و نشانگرهای مبتنی بر DNA تقسیم می‌شوند. [3]. نشانگرهای مبتنی بر DNA نسبت به نشانگرهای مورفولوژیکی و پروتئینی، کاربردی تر و دارای مزایای بیشتری می‌باشند. بررسی DNA گیاهی امکان ارزیابی مستقیم تنوع ژنتیکی را ممکن می‌سازد [3]. تاکنون تعداد زیادی از نشانگر‌های مبتنی بر DNA معرفی شده‌اند و در تجزیه‌های ژنتیک موجودات مورد استفاده قرار گرفته‌اند نشانگرهای مبتنی بر DNA نسبت به نشانگرهای مورفولوژیکی و پروتئینی، کاربردی تر و دارای مزایای بیشتری می‌باشند [28]. این نشانگر ها از نظر بسیاری از ویژگی‌ها از قبیل درجه چندشکلی ، غالب یا هم بارز بودن، تعداد جایگاه‌های تجزیه‌شده در هر آزمایش، توزیع در سطح کروموزوم، تکرارپذیری، نیاز یا عدم نیاز به توالی‌یابی DNA الگو و هزینه مورد نیاز با همدیگر متفاوت‌اند [28]. نشانگرهايي که چند شکلي را در سطح DNA آشکار مي‌نمايند، به عنوان يک ابزار قدرتمند براي توصيف و تنوع ژنتيکي شناخته شده‌اند [45]. نشانگرها با توجه به استراتژي پايه گروه‌بندي شده‌اند که مهمترين آن‌ها عبارتند از: روش‌هاي غير مبتني بر PCR (RFLP و …) و تکنيک‌هاي مبتني بر PCR (RAPD، AFLP و ISSR و …).
نشانگرهای مبتنی بر DNA، برای اصلاح گیاهان زراعی روند رو به رشدی داشته اند [84]. نشانگرهای مبتنی بر PCR از جمله RAPD ، AFLPو ریزماهواره ها ابزاری قدرتمند برای مطالعه تنوع ژنتیکی گندم‌های زراعی و وحشی محسوب می‌شوند [110]. ریزماهواره‌ها نشانگرهای مبتنی بر PCR هستند که به خاطر سطوح بالای چندشکلی، چنداللی‌بودن،وراثت هم‌بارز، پوشش وسیع ژنوم و سهولت در آشکارسازی می توان از آن‌ها برای بررسی تنوع بین گونه های وحشی و زراعی استفاده کرد [95]. سیستم نشانگری SSR نیاز به اطلاعات اولیه از توالی مورد هدف دو طرف نواحی تکراری، جهت طراحی آغازگر دارد، لذا سیستم نشانگری ISSRمی‌تواند بر این محدودیت‌ها غلبه کند و میزان چندشکلی بیشتر و آشکارسازی راحت‌تری نسبت به نشانگرهای مولکولی دیگر داشته باشد [19]. نشانگر ISSR نشانگری تصادفی است که در سال 1994 جهت تحلیل ژنومی استفاده شده است. در این نشانگر نواحی ریز‌ماهواره‌ای یکسان که در دو جهت مخالف و در فاصله‌ای قابل تکثیر با آنزیم پلی مراز قرار گرفته باشند، تکثیر می‌گردند. دراین روش واکنش زنجیره‌ای پلی‌مراز باعث تکثیر نواحی بین ریزماهواره‌ها در اندازه‌های متفاوت می‌شود [119،96]. نشانگر ISSR داراي توانايي زيادي در بررسي روابط خويشاوندي و تکاملي گياهان و داراي چندشکلي قابل قبولي مي‌باشد. اين نشانگر تصادفي بوده و تکرارپذيري و چندشکلي بالايي دارد و در دامنه وسيعي از گياهان کاربرد دارد. آغازگرهاي مورد استفاده در اين نشانگر مکمل توالي‌هاي ريزماهواره‌اي هستند.
نشانگر ISSR برای مطالعات تنوع ژنتیکی، رده‌بندی، نشانمندکردن ژن‌ها، نقشه‌یابی ژنتیکی و زیست‌شناسی تکاملی به کار می‌رود [96]. در بين نشانگرهاي مولکولي نشانگرهاي ISSR به طور گسترده‌اي در نواحي بين ريزماهواره‌اي در سرتاسر ژنوم پراکنده مي‌شوند. اين روش کاربردهاي جالبي در ژنتيک گياهي به‌خصوص در بررسي تنوع و ژنتيک جمعيت در گونه‌هاي گياهي که اطلاعاتي در مورد توالي آن‌ها در دسترس نيست، دارد [42،20]. اگرچه بسیاری از توده‌های گندم در ایران جمع‌آوری شده‌اند، اما ژنتیک گندم وحشی و آژیلوپس در ایران هنوز تا حدود زیادی ناشناخته است [47]. بنابراین در تحقیق حاضر، سعی بر این است که با بررسی تنوع ژنتیکی 16 جمعیت از گونهAe.crassa با استفاده از نشانگرهای ISSR، گامی در جهت افزایش فهم ساختار ژرم‌پلاسم این گونه برداشته شود.
1-2- اهداف تحقيق
به طور کلی اهداف اصلی این تحقیق عبارت بودند از:
1. شناخت ارتباط ژنتیکی بین و درون توده های Ae.crassa ، گروه بندی آن‌ها و تشکیل یک درخت‌واره براساس انگشت‌نگاری ژنومی حاصل از نشانگرهای ISSR
2. بررسی صفات ریختی و عملکرد و اجزای عملکرد علوفه و دانه
3. مطالعه میزان تنوع و تفرق ژنتیکی جمعیت‌های شناسایی شده به منظور مدیریت بهتر ژرم‌پلاسم موجود و استفاده بهینه از آن در برنامه های به‌نژادی
4. استفاده از اطلاعات بدست آمده در برنامه‌ریزی حفاظت ژرم‌پلاسم و ایجاد کلکسیون از جمعیت های Ae.crassa

2-1- اهمیت منابع ژنتیکی
منابع ژنتيكي يا ذخاير توارثي گياهي و جانوری به دليل اهميت فراواني كه دارند يكي از ارزشمند‌ترين ثروت‌هاي ملي و منابع پايه‌اي در هر كشور محسوب مي‎‌شوند [1]. ژنتيك گياهي به عنوان بخش مشخصي از تنوع زيستي در‌بردارنده مواد ژنتيكي است كه در اشكال اوليه و گونه‌هاي وحشي، واريته‌هاي بومي و سنتي و كولتوارهاي جديد وجود دارد. منابع ژنتيك گياهی منابعي را براي معيشت انسان اعم از تهيه غذا، چراي دام، تهيه سوخت‌، تهيه الياف، تهيه جان پناه، تهيه دارو و بسياري از مايحتاج ديگر انسان فراهم مي‌كند [35].
2-2- طبقه بندی منابع ژنتیکی گیاهی
2-2-1- گونه‌های وحشی
توجه اندکی به حفظ گونه‌های وحشی معطوف شده و متأسفانه بسیاری از گونه‌های قدیمی به دلیل کاربرد وسیع علف‌کش‌ها، ایجاد زمین‌های کشاورزی جدید و استفاده از ارقام یکنواخت از بین رفته‌اند و بدین ترتیب منابع ژنتیکی که می‌توانند در حال و آینده در ایجاد و بهبود واریته‌های زراعی نقش داشته باشند را از دست داده‌ایم [53،19]. برای بسیاری از گیاهان زراعی، ژرم‌پلاسم وسیعی در گونه‌های وحشی وجود دارد و این گونه‌ها محدوده وسیعی از تنوع ژنتیکی را نشان می‌دهند اما به دلایل زیر این منابع ژنی کمتر مورد استفاده قرار می‌گیرند:
1-تلاقی گونه‌های وحشی با گونه‌های زراعی به سختی صورت می‌گیرد و اغلب نتایج بدست آمده عقیم هستند.
2-سطوح پلوئیدی متفاوتی در گونه‌های وحشی وجود دارد و ناسازگاری بالائی را نشان می‌دهند.
3-اطلاعات کمی از تاکسونومی گونه‌های وحشی در دسترس است.
با توجه به موارد ذکر شده، انتقال ژن از ژرم‌پلاسم گونه‌های وحشی به گونه‌های زراعی مشکل و اغلب ناموفق است [58]. هر چند امروزه با استفاده از روش‌های مهندسی ژنتیک این مشکل تا اندازه‌ای مرتفع شده است. علیرغم مشکلات مطرح شده، می‌توان از ژن‌های موجود در ژرم‌پلاسم گونه‌های وحشی به منظور افزایش مقاومت به آفات، بیماری‌ها و تنش‌های غیر زنده و همچنین افزایش کمیت و کیفیت محصول استفاده نمود. به‌طوری که 80 درصد از صفات مفیدی که از گونه‌های وحشی به گیاهان زراعی منتقل شده، مربوط به مقاومت به تنش‌های زنده و غیر زنده است [53].
2-2-2- گونه های زراعی
به ارقام اولیه‌ای که طی سالیان متمادی تکامل یافته و تحت تأثیر انتخاب طبیعی به شرایط محیطی منطقه سازش یافته‌اند، توده بومی یا محلی می‌گویند. تنوع بالائی درون این جوامع موجب انعطاف‌پذیر بودن و سازگار شدن آنها به شرایط نامساعد محیطی گردیده است [64،59]. ولی عملکرد پائین توده‌های بومی در مقام مقایسه با ارقام اصلاح شده موجب جایگزینی آنها توسط ارقام اصلاح شده گردیده است. این موضوع که ارقام بومی از پایداری عملکرد بهتری برخوردار می‌باشند و در شرایط نامساعد محیطی آسیب‌پذیری کمتری نسبت به ارقام جدید دارند، قابل توجه است. در حال حاضر بارزترین ارزش توده‌های بومی به لحاظ ژن‌های مفید از جمله ژن‌های مقاومت به بیماری‌ها و آفات، کیفیت مواد غذائی و سازگاری به شرایط نامساعد طبیعی است که تاکنون ناشناخته مانده‌اند و در آینده می‌توانند بسیار ارزشمند باشند، مربوط می‌شود [19]. در حال حاضر مطالعات فراوانی بر روی ارزیابی ژرم‌پلاسم بومی و گونه‌های وحشی گیاهان زراعی مختلف در کشور صورت گرفته و در حال انجام است با این وجود با توجه به فراوانی تعداد این منابع ژنی، توجه بیشتر به این موضوع را می‌طلبد. ارقام بومی به سرعت در حال نابودی بوده و بدین ترتیب جمع‌آوری و نگهداری آنها امری بسیار ضروری است.
2-3- مناطق پراکنش جنس آژیلوپس
آژیلوپس‌ها از جمله اجداد وحشی گندم بوده و عمدتاً در جنوب نواحی مدیترانه تا خاورمیانه و آسیای مرکزی پراکنده‌اند [67]. مرکز اولیه آژیلوپس طبق بررسی‌های مختلف در هلال حاصلخیز بوده است، زیرا مقدار زیادی از گونه‌های آژیلوپس نسبت به مناطق دیگر در این منطقه یافت می‌شوند [116،114،15]. جنس آژیلوپس در دریای مدیترانه، اروپا وجنوب اوکراین، همچنین کشورهای مستقل مشترک المنافع و قفقاز، در آفریقا، شمال صحرای بزرگ آفریقا، در آسیای مرکزی و غربی، منطقه مرزی با بیابان های شبه جزیره عربستان در جنوب و با کوه تیان شان در شرق آسیای مرکزی رشد می کنند [115،60]. این گونه ها در زیستگاههایی با بارش سالیانه از 75 تا 1400 میلیمتر در سال و ارتفاعات مختلف از 400 تا 2700 متر یافت می شوند [115،60]. همه گونه‌های دیپلوئید آژیلوپس در مقایسه با گونه‌های پلی‌پلوئید، دامنه پراکنش محدودتری دارند [54،9]. معمولاًگونه‌های آژیلوپس بیشتر در حاشیه جاده‌ها، مزارع و یا در داخل گیاهان زراعی به صورت علف هرز یافت می‌شوند [70].
2-4- مناطق پراکنش گونه Ae.crassa
آژیلوپس کراسا دارای درجه بالایی از تنوع مورفولوژی بوده است [115]. آژیلوپس کراسا در ترکیه، فلسطین، سوریه، اردن، ایران، عراق،لبنان، افغانستان، ترکمنستان و پامیر و کوه‌های آلتای پراکنده است، در ایران دارای دامنه پراکنش بسیار وسیعی بوده و از دامنه‌های البرز در شرق کشورتا شمال غرب در آذرباییجان غربی وبر روی دامنه‌های رشته‌کوه زاگرس تا سواحل جنوبی در ارتفاعات استان بوشهر وهرمزگان می روید [101،40]. این گونه به عنوان یک منبع صفات مفید از قبیل تحمل به شوری، مقاومت به آفت و تحمل به سرما شناخته شده است. اگرچه دامنه پراکنش و سازگاری این گونه نسبت به گونه Ae.tauschii کمتر است، اما این احتمال نیز وجود دارد که ژنوم D موجود در این گونه حامل ژن‌های سازگاری متفاوتی بوده و با انتقال آن به ژنوم گندم‌های نان ارقامی با پایه ژنتیکی وسیع‌تر و دامنه سازگاری مطلوب‌تر تولید گردد [101،40]. با این حال این گونه به‌طور عمده در کوه‌های زاگرس در غرب ایران یافت می‌گردد.
2-5- طبقه بندی گونه Ae.crassa
• سلسله : گیاهان
• بخش : Spermatophytae
• شاخه : Angiosperms
• رده : Monocotyledoneae
• راسته : Graminales
• تیره : Gramineae یا Poaceae
• طایفه: Triticeae
• زیرطایفه: Triticineae
• جنس: Aegilops
• گونه:Crassa
2-6- تنوع ژنتیکی و اهمیت شناخت آن
مطالعه تنوع ژنتیکی فرایندی است که تفاوت یا شباهت گونه‌ها، جمعیت‌ها و یا افراد را با استفاده از روش‌ها و مدل‌های آماری خاص براساس صفات مورفولوژیک، اطلاعات شجره‌ای یا خصوصیات مولکولی افراد بیان می‌کند. تغییرات ژنتیکی در جمعیت‌های گیاهی می‌تواند بوسیله سازوکارهای مختلف از قبیل جهش ، نوترکیبی ژنتیکی، مهاجرت ، جریان ژنی ، رانده شدگی ژنتیکی و گزینش بوجود آید. منبع اصلی تغییرات ژنتیکی جدید، تغییرات ژنتیکی حاصل از تولید آلل‌های جدید یا الل‌های تغییرشکل‌یافته با عمل ژنی جدید با نام تغییرات جدید می باشد. فرایندهای ژنتیکی مختلف مانند کراسینگ‌آور نامساوی، نوترکیبی درون‌ژنی، ترانسپوزون‌ها، متیله‌شدن DNA، پاراموتاسیون و تکثیر‌ژنی از عوامل مهم بوجودآورنده تغییرات جدید در مجموعه‌های ژرم‌پلاسمی است. یکی از پیامدهای اجتناب‌ناپذیر کشاورزی نوین که مبتنی بر استفاده از واریته‌های اصلاح‌شده با حداکثر عملکرد و کیفیت قابل قبول می باشد، کاهش تنوع ذخایر ژنتیکی بوده است. بنابراین آگاهی از تنوع ژنتیکی و مدیریت منابع ژنتیکی به عنوان اجزاء مهم برنامه‌های اصلاح‌نباتات، تلقی می‌گردند [85،15]. در مدیریت حفاظت از ذخائر ژنتیکی، اطلاع از تنوع بین و درون‌گونه ای و زیر‌گونه های مختلف کمک بزرگی به آگاهی از فرایندهای تکاملی و ارزیابی خطرات احتمالی از قبیل خطر انقراض در یک گونه گیاهی می‌نماید [26]. به عنوان مثال اطلاع از وضعیت تنوع ژنتیکی در گونه‌های مختلف اطلاعاتی را در رابطه با انتخاب راهکار مناسب برای حفاظت در در محل و خارج از محل ژنوتیپ‌های در حال انقراض ارائه می‌نماید. ساختار ژنتیکی گونه‌ها تحت تأثیر عوامل مختلف اقلیمی و الگوی پراکنشی مختلف در طول سالیان متمادی تغییر می‌یابد [26]. بنابراین شناخت الگوی تنوع ژنتیکی گونه‌ها و زیرگونه‌ها می‌تواند گامی مهم در جلوگیری از انقراض گونه‌ها، جلوگیری از رانده‌شدن ژنتیکی و توسعه کلکسیون های ذخائر ژنتیکی باشد [26]. همچنین مطالعه تنوع ژنتیکی جمعیت‌های یک گونه در برنامه‌ریزی طرح‌های به‌نژادی آتی آن حائز اهمیت است [26].

2-7- منشاء تنوع ژنتیکی
تنوع بین گیاهان یک گونه گیاهی خاص بر دو نوع است، تنوع بر اثر محیط،که به مقادیر مختلف تنش محیطی واکنش می‌دهد و با مقایسه‌ی گیاهان دو‌جمعیتی که از لحاظ ژنتیکی یکنواخت هستند، می توان آن را مشاهده نمود. تأثیر محیط روی یک گیاه، به نتاج آن منتقل نمی‌شود و بنابراین انتخاب در یک جامعه ی یکنواخت ژنتیکی، به جدا نمودن نژادهایی که در واکنش به تنش‌های محیطی اختلاف دارند، نمی‌انجامد. دسته دوم تنوع ارثی است، این نوع تنوع، به تنوع موجود در یک جمعیت مخلوط ژنتیکی، که از عوامل ارثی ناشی شده و به نتاج انتقال می‌یابد، اطلاق می‌گردد [6]. از آنجایی که این نوع تنوع، ناشی از عوامل ارثی است و به نتاج قابلیت انتقال دارد، لذا در اصلاح نباتات و برنامه‌های اصلاحی حائز اهمیت است [6]. از منابع تنوع ارثی در گیاهان می توان نوترکیبی‌های ژنتیکی، تغییرات در کروموزوم‌ها و جهش‌ها را نام برد [3]. برای بررسی تنوع ارثی گیاهان، از روش‌های مختلفی می‌توان استفاده نمود. از جمله به کار بردن نشانگرها مثل نشانگرهای مورفولوژیک، نشانگرهای بیوشیمیایی و نشانگرهای DNA می‌باشد.
2-8- اهمیت بررسی تنوع ژنتیکی
اندازه‌گیری تنوع ژنتیکی در جهت بررسی دو دسته از مشکلات مفید خواهد بود یکی آزمایش نظریه های موجود در رابطه با ماهیت عوامل موثر بر تنوع ژنتیکی که به آنها اصطلاحأ هسته‌هاو لکه‌های تکامل گفته می‌شود و دیگری استفاده از معیارهای تنوع ژنتیک به عنوان ابزاری برای شناخت روابط میان ارگانیسم‌ها و همچنین تنوع موجود در داخل و بین آنها.از سوی دیگر به نژادی بر دو اصل تنوع و انتخاب پایه‌گذاری شده است. تنوع ژنتیکی آستانه تحمل یک گونه را در برابر تنش‌های زیستی و غیرزیستی بالا می‌برد. در هر برنامه به‌نژادی وجود تنوع ژنتیکی و سودمند بودن واریانس قابل گزینش آن از عوامل عمده در موفقیت محسوب می‌شود، چرا که پرهزینه‌ترین بخش برای ایجاد هیبریدی با عملکرد بالاتر، انتخاب والدین مناسب می‌باشد. بنابراین روشی که بتواندشناسایی مطلوب‌تری را فراهم نماید در پیش‌برد اهداف طرح حائز اهمیت است [19].
2-9-کاربردهای بررسی تنوع ژنتیکی
بررسی تنوع ژنتيکي موجود در ژرم‌پلاسم يک گونه زراعي هم در طرح‌هاي به‌نژادي و هم حفاظت از منابع ژنتيکي کاربرد دارد [111]. به‌طور کلی تعیین تنوع ژنتیکی در زمینه اداره مجموعه‌های گیاهی، نگهداری و حفاظت، درج مشخصات و استفاده از مجموعه‌های گیاهی به ما کمک می‌کند. بعضی از جنبه‌های معمول این کاربردها به شرح زیر است.
2-9-1- بررسی های فیلو ژنتیکی
بررسی‌های فیلوژنتیکی به‌منظور بررسی روند تکاملی گیاهان به کار می‌رود. جمعیت‌های گیاهی فعلی بر این اساس طبقه‌بندی شده‌اند که نحوه پیدایش آن‌ها از اجدادشان را نشان می‌دهد. ارزش عملی چنین بررسی‌هایی در استفاده از آن اطلاعات در به‌گزینی ژنتیکی گیاهان است. با دانستن روابط ژنتیکی بین گیاهان، از اطلاعات رده‌بندی می‌توان به عنوان راهنمایی برای بهره‌برداری از منابع ژنتیکی در استفاده از آن‌ها در تلاقی‌ها و جداسازی ژن‌های مفید استفاده کرد [12].
2-9-2- ژنتیک جمعیت
از ژنتیک جمعیت‌های گیاهی می‌توان در تعیین فاکتورهایی نظیر قدرت انتخاب در محیط محلی، سرعت حرکت ژن‌ها بین ریز‌جمعیت ها و رانده‌شدن ژنتبکی مرتبط با تغییرات تکاملی استفاده نمود. درک این عوامل در مدیریت موثر جمعیت‌های گیاهی وحشی سودمند است [12].
2-9-3- مدیریت گیاهان وحشی
بررسی تنوع ژنتیکی در جمعیت‌های نادر یا گیاهان در حال انقراض، امکان مدیریت جمعیت‌های گیاهی را جهت حفظ تنوع ژنتیکی فراهم نموده وممکن است در اطمینان به بقای طولانی‌مدت گونه‌ها کمک کند. مطالعه مشابهی در جمعیت علف‌های هرز ممکن است در مدیریت آن‌ها برای به حداقل رساندن اندازه جمعیت به کار رود. تشکیل گونه‌ها در گیاهان در اثر ایجاد تفاوت‌هایی در جمعیت‌های گیاهی اتفاق می‌افتد که به جدای تولید مثل منجر می‌گردد [12]

2-9-4- مدیریت منابع ژنتیکی
تعداد گونه‌های گیاهی تقریبأ 250 هزار گونه تخمین زده می‌شود. حفاظت منابع ژنتیکی این تعداد گونه هدف کلانی است [3]. تعداد نسبتأ کمی از این گونه‌ها توسط بشر مصرف می‌شود و شمار خیلی محدودی به صورت زراعی درآمده است. سه گونه گندم، ذرت و برنج حدودأ نصف غذای بشر را تأمین می‌کنند و نگهداری منابع ژنتیک گیاهان مهم زراعی جهت امنیت غذایی بشر ضروری است.
2-9-4-1-کلکسیون های ذخائر ژنتیک گیاهی
اکثر ذخائر ژنتیک گیاهی در خارج از محیط طبیعی به صورت کلکسیون‌های بذر هستند. مزیت کلکسیون‌های بذر عمومأ افزایش طول عمر بذر با نگهداری در دما و رطوبت پایین است. این روش برای همه ی گونه‌های گیاهی مناسب نیست. برای برخی گونه‌ها می‌توان از روش کشت بافت یا نگهداری در دمای پایین استفاده کرد. به دلایل مختلف نمونه‌های ژرم‌پلاسم در مزارع یا باغ‌ها نگهداری می‌شوند که البته به شرایط نامسائد محیطی آسیب‌پذیرند. نگهداری ذخائر ژنتیک گیاهی به‌صورت DNA به دلیل هزینه نسبتأ کم و طولانی مدت بودن دارای مزیت است. در این روش تعداد زیادی نمونه در حجم نسبتأکم قابل نگهداری است. بررسی‌های مولکولی تنوع ژنتیکی در کلکسیون‌های ذخائر گیاهی سبب مدیریت بهتر آن‌ها شده است، بویژه در مواردی که محدودیت منابع و فضا وجود دارد [3].
2-9-4-2-کنترل بیماری های گیاهی
آگاهی از تنوع ژنتیکی در عوامل بیماری‌زایی گیاهی اهمیت زیادی در کنترل بیماری‌های گیاهی دارد [3]. در اصلاح برای گیاهان مقاوم به بیماری با مقاومت پایدار، ضروری است که گیاهان به همه ژنوتیپ‌های عامل بیماری‌زا مقاوم باشند. عوامل بیماری‌زا که از نظر ژنتیکی یکنواخت هستند احتمال موفقیت بیشتری را در ایجاد مقاومت پایدار از طریق گسترش تک ژن های مقاوم ارائه می‌دهند. با شناخت مقدار تنوع ژنتیکی عوامل بیماری‌زا در نواحی مختلف می‌توان قرنطینه بیماری‌های گیاهی را بهتر ارائه کرد. مطالعه تنوع ژنتیکی در عوامل بیماری‌زا ممکن است اطلاعاتی را در خصوص منشاء عوامل بیماری‌زا و الگوی پراکنش آن ها در اختیار قرار دهد که در اثر عوامل انسانی و محیطی بوجود می‌آید [3].
2-10- روش های ارزیابی تنوع ژنتیکی
جهت ارزیابی و برآورد تنوع ارثی گیاهان، می توان روش‌های مختلفی را بکار برد. از جمله این روش‌ها به کار بردن انواع نشانگرها، همانند نشانگرهای مورفولوژیک ، نشانگرهای بیوشیمیایی و نشانگرهای DNA است. در بین این روش‌ها نشانگرهای DNA دقیق‌ترین و مطمئن‌ترین نشانگرها، جهت تعیین و شناسایی تنوع محسوب می‌شوند.
2-11- نشانگرهای ژنتیکی
فنوتیپ هرگیاه توسط ترکیبی از عوامل ژنتیکی و محیطی تعیین می‌گردد. نشانگرهای ژنتیکی دارای جایگاه خاصی روی یک کروموزوم هستند که به عنوان نشانگرهای اختصاصی برای تجزیه وتحلیل‌های ژنومی به خدمت گرفته می‌شوند. در واقع تفاوت موجود بین ردیف DNA کروموزوم‌های هر سازواره که از افراد به نتاج آن‌ها منتقل می‌گردد، می‌تواند به عنوان نشانه یا نشانگر ژنتیکی به کار گرفته شود. این تفاوت می‌تواند به طرق متفاوتی تظاهر یابد. توارث مشترک یا لینکاژ ژنتیکی ژن مورد نظر در اصلاح‌نباتات (به عنوان مثال ژن مقاومت) و نشانگر، بیان می کند که آن دو از نظر فیزیکی نزدیک هم بوده و بر روی یک کروموزوم قرار دارند. برای آن که نشانگری به عنوان نشانگر ژنتیکی استفاده شود بایستی حداقل ویژگی‌های زیر را داشته باشد:
 در بین دو فرد متفاوت باشد (چند شکلی نشان دهد)
 به توارث برسد
 رابطه لینکاژی بسیار نزدیکی با ژن مورد نظر در اصلاح‌نباتات داشته باشد [28،18].

2-11-1- نشانگرهای مورفولوژیک

منابع

1. احتشام نيا، ع، شريفاني، م، وحدتي،ک و و، عرفاني مقدم، بررسي تنوع ژنتيكي برخي توده‌هاي گردوي بومي استان گلستان با استفاده از نشانگر مولكولي ريزماهواره، پژوهش‌هاي توليد گياهي، جلد شانزدهم، شماره چهارم، صفحات 58-39، 1388.
2. احمدی خواه، ا، اصلاح نباتات تکمیلی، چاپ اول، گرگان: انتشارات دانشگاه علوم کشاورزی و منابع طبیعی گرگان، 1389.
3. ارزانی،الف. اصلاح گیاهان زراعی. مرکز نشر دانشگاه صنعتی اصفهان،1383.
4. آقایی، م. ج.؛ نقوی، م.ر.؛ طالعی، ع.ر.؛ امیدی، م.؛ مظفری، ج.؛ بررسی همولوژی کروموزومی بین سه گونه آژیلوپس (Aegilops sp) ایرانی حامل ژنوم D و گندم نان (Triticum aestivum)، فصلنامه علمی- پژوهشی تحقیقات ژنتیک و اصلاح گیاهان مرتعی و جنگلی ایران، 15-95 ،1386.
5. اميدبخش، امين، بررسي تنوع ژنتيکي گندم دوروم با استفاده از نشانگرهاي ريزماهواره، پايان نامه کارشناسي ارشد بيوتکنولوژي، دانشگاه تهران، 1386.
6. اميدبخش ‌فرد، م.ا، بررسي تنوع ژنتيکي نمونه‌های گندم دوروم(Triticum durum L.) با استفاده از نشانگر ريزماهواره(SSR)، پايان نامه کارشناسي ارشد، گروه بيوتکنولوژي کشاورزی، دانشگاه تهران، 1384.
7. باقري، ع.ا، ايزدي‌دربندي، ع، و م.ع، ملبوبي، کاربردهاي عملي بيولوژي مولکولي گياهي، چاپ اول، مشهد: انتشارات دانشگاه فردوسي مشهد، 1385.
8. بي‌همتا، م.ر، ناصريان خياباني، ب و م.ج، زماني، نشانگرهاي مولکولي در ژنتيک گياهي و بيوتکنولوژي، چاپ اول، تهران: انتشارات دانشگاه تهران، 1388.
9. جم باراندوزي، ع، سفالیان، ا، اصغري زکریا، ر، اصغري، ع، و پ، بندریان، بررسی الگوهاي نواربندي پروتئین‌هاي ذخیره بذر آژیلوپس با استفاده از روش PAGE-SDS، ویژه‌نامه دوازدهمین کنگره ژنتیک ایران، 1391.
10. حاج منصور، ش، بي همتا، م. ر، نبي پور،ع. ر، محمدي، ع، پيرسيدي، س. م و ح، نيكخواه، بررسي تنوع ژنتيكي در ژنوتيپ‌هاي جو:II. نشانگرهاي ريزماهواره و صفات مورفولوژيك، مجله به نژادي نهال و بذر، جلد 1-26، شماره 2، صفحات 171-150، 1389.
11. حاجی کرم، م، نقوی، م.ر، طالعی، ع.ر، آقایی، م.ج، بررسی تنوع ژنتیکی نمونه‌های Aegilops tauschii نواحی شمال ایران با استفاده از نشانگرهای SSR، مجله زیست‌شناسی ایران، جلد 24، شماره 3، صفحات 399-390،1390.
12. رحيمي، س، ارزيابي تنوع ژنتيکي )با استفاده از مارکرهاي مولکولي) و فيتوشيميايي گشنيزهاي بومي ايران، پايان نامه کارشناسي ارشد، دانشگاه تربيت مدرس، 1386.
13. رضايي، م، نقوي، م.ر، و ر، معالي اميري، ارزيابي تنوع ژنتيكي در اكوتيپ‌هاي يونجه زراعي(Medicago sativa L.) ايران با استفاده از نشانگرهاي ريزماهواره، مجله علوم زراعي ايران، جلد دوازدهم، شماره 4، صفحات 532-520، 1389.
14. رنجبر، م، نقوی، م.ر.، زالی، ع.ع.، آقایی، م.ج.، پیرسیدی، س.م. و م، مردی، بررسی تنوع ژنتیکی نمونه های Aegilops crassa ایران با استفاده از مارکرهای SSR، ژنتیک نوین، دوره سوم، صفحه 38-29، 1387.
15. رهایی جهرمی،م. بررسی تنوع ژنتیکی در کلزا با استفاده از نشانگرهای AFLP و RAPD. پایان نامه کارشناسی ارشد، دانشگاه تهران،1380.
16. شيرالي، م، سليماني دشتكي، م، عالمي سعيد، خ و م، رضا زاده، روش ساده و بهينه استخراج DNA غلات جهت مطالعات ژنتيكي با استفاده از نشانگرهای مولكولی، همايش منطقه‌اي غذا و بيوتكنولوژي، دانشگاه آزاد اسلامي واحد كرمانشاه، 1388.
17. شیری، م، بررسي تنوع ژنتيکي جمعيت‌هاي گندم اينکورن T.boeoticum و T.urartu نواحي غرب و شمال غرب ايران با استفاده از نشانگرهاي SSR، پایان نامه کارشناسی ارشد، گروه بیوتکنولوژی، دانشگاه فردوسی مشهد، 76 ص، 1388.
18. طاهرنژاد، ز، آقايي، م.ج، زهراوي، م، زماني، م.ج، سلوكي، م، و ع.ع، امام جمعه، بررسی تنوع ژنتيكی توده های مختلف Aegilops tauschiiایرانی با استفاده از صفات مورفولوژیکی، پژوهش و سازندگی در زراعت و باغبانی، شماره 79، صفحات 132-125، 1387.

19. عبدميشاني، س.و، و ع.ا، شاه نجات بوشهري، اصلاح نباتات تکميلي (جلد اول). تهران: انتشارات تهران، 1376.
20. فارسي، م، و ج، ذوالعلي، اصول بيوتکنولوژي گياهي، چاپ چهارم، مشهد: انتشارات دانشگاه فردوسي مشهد، 1388.
21. فاضلی، ف، چقاميرزا، ک، بررسي تنوع ژنتيكي تود‌ه‌هاي نخود زراعي بومي ايران با استفاده از نشانگر ملكولي ISSR، ژنتيك نوين، دوره ششم، شماره 2، صفحات 104-97، 1390.
22. فتاحي، م، و ب، فتاحي، مباني گياهان دارويي، چاپ اول، تهران: انتشارات جهاد دانشگاهي تهران، 1389.
23. فلاحتی عنبران،م. بررسی تنوع ژنتیکی یونجه با استفاده از نشانگرهای ریزماهواره. پایان نامه کارشناسی ارشد اصلاح نباتات. دانشکده کشاورزی دانشگاه گیلان.1381.

24. قره‌ياضي، ب، کاربرد نشانگرهاي DNA در اصلاح نباتات، مجموعه مقالات کليدي چهارمين کنگره علوم زراعت و اصلاح ايران، دانشکده کشاورزي، دانشگاه صنعتي اصفهان، صفحات 380-328، 1375.
25. کريمي، م، و س، زينلي، PCR، مباني و کاربردهاي آزمايشگاهي، تهران: انتشارات انديشه ظهور، 1383.
26.محمدي، س. ا، روش هاي آماري در ژنتيک، مجموعه مقالات ششمين کنفرانس بين-المللي آمار ايران، 4 تا ٦ شهريور ماه ١٣٨١، دانشگاه تربيت مدرس، تهران، صفحات ٣٩4-371، 1381.
27.مرادخانی، ه، مهرابی، ع.ا، اطمینان، ع.ر، پورابوقداره، ع.ر، ارزیابی تنوع ژنتیکی زیرگونه‌های گندم نیای وحشی Aegilops tauschii ایران با برخی از گندم های دارای ژنوم D با استفاده از نشانگرهای ISSR، دوازدهمین کنگره ژنتیک ایران، 1391.
28. موحدی، خ، بررسي تنوع ژنتيکي جمعيت‌هاي مرزه بختياري رويشگاه‌هاي مختلف کشور با استفاده از نشانگرهاي RAPD و ISSR، پایان نامه کارشناسی ارشد، گروه علوم باغبانی، دانشگاه ایلام، 97ص، 1390.
29. نقوي م، قره ياضي ب ، حسيني سالكده، ق ، نشانگرهاي مولكولي، انتشارات دانشگاه تهران، 324 ص.1386.

30) Agostini, G. Echeverrigaray, S. and Souza-chies, T.T, Genetic relationships among south American species of Cunila D.Royen ex L. bassed ISSR. Plant syst Evol, 274, pp 135-141, 2008.

31) Arcade, A. Anselin, F. Rampant, P.F. Lesage, M.C. Paques, L.E. and D. Part, Application of AFLP, RAPD and ISSR markers to genetic mapping of European and Japanese larch. Theor. Appl. Genet. 100, pp 299-307, 2000.
32) Ashrafi Parchin, R., Evaluation of genetic diversity of wheat (Triticum aestivum) genotypes using agronomic and morphological characters and molecular markers. M. Sc. thesis University of Razi Kermanshah, Iran, 2011.

33) Baenzinger, P.S.; Clements, R.L.; Intosh, M.C.; Yamazaki, M.S.; Starling, W.T., Sammous, T.M. and J.W., Johnson, Effect of cultivar, environment and their interaction and stability analysis on milling and baking quality of soft red winter wheat, Crop.Sci, 25, pp.5-8, 1985.

34) Barbara, F. Ryan.; Brian, L. Joiner., and D. Cryer., Jonathan, MINITAB Handbook: Update for Release 16, http://www.minitab.com/en, 2012.

35) Bassam, Nasir El. Natural Resources And Development.Volume51. P. 41.57.1999

36) Becker, J. and M., Heun, Mapping of digested and undigested random amplified microsatellite polymorphisms in barley, Genome, 38, pp.991–998, 1995.

37) Blair, M.W. Panaud, O. and S.R. Mc Couuch. Inter-simple sequence repeat (ISSR) amplification for Analysis of microsatellite motif frequency and fingerprinting in rice (oryza sativa L.). Theor. Appl. Genet, 98, pp 780-792, 1999.

38) Bowden, W.M. The taxonomy and nomenclature of the wheats. Barleys. and ryes and their wild relatives. Canadian Journal of Botany. 37:657-684.1959.

39) Chen, Y.; Hausner, G.; Kenaschuk, E.O.; Procunier, J.D.; Dribnenki, P. and G., Penner, Identification of microspore-derived plants in anther culture of flax (Linum usitatissimum L.) using molecular markers, Plant Cell Reports, 18, pp.44-48, 1998.

40) Ciaffi, M.; Lanfiandra, D.; Porceddu, E. & Benedettelli, S.; Storage protein variation in wild emmer (Triticum turgidum SSP. Dicoccoides) from Jordan and Turkey. Patterns of allele distribution. Theor. Appl. Genet, 86, 518-5250.1993.

41) Cox, T.S. ,Lookhart,GG.L. ,Walker, D. , Harrell, E.G. ,Albers,L.D. , and Rodgers,M.D.Genetic relationships among hard red winter wheat cultivars as evaluated by pedigree analysis and gliadin polyacrylamide-gel electrophoretic patterns. Crop Sci.25:1058-1063.1985.

42) Culli, T. M., Wolfe, A.D., Population genetic structure of the cleistogamous Plant species viola pubescens Aiton (violaceae), as indicated by allozme and ISSR molecular markes. Heredity, 86:545-556.2001.

43) Dvorak, J. Luo, M.C. Yang, Z.L. and H.B. Zhang, The structure of the Aegilops tauschii genepool and the evolution of hexaploid wheat. Theor, Appl, Genet, 97, pp 657-670, 1998.

44) Eig, A.V.; Monographisch-kritische Ubersicht der Gattung Aegilops. (1929), Verlag des Repertoriums, Dahlem bei; Berlin.

45) Esposito, M.A. Nartin, E.A. Cravero, V.P. and E. Cointry, Characterization of pea accessions by SRAPs markers. Scientia Horticulturae, 113, pp 329-335, 2007.

46) Fang, D.Q. and M.L. Roose, Identication of closely related citrus cultivars with inter-simple sequence repeat markers. Theor. Appl. Genet, 95, pp 408-417, 1997.

47) Farkhari, M.; Naghavi, M.R.; Pyghambari, S.A. and M., Sabokdast, Genetic variation of Jointed Goatgrass (Aegilops cylindrica Host.) from Iran, using RAPD-PCR and SDS-PAGE of Seed Proteins, Pakistan Journal of Biological Sciences, 10(17), pp.2868-2873, 2007.

48) Gajera, B.B. Kumar, K. Singh. A.P. Punvar. B.S. Ravikiran. R. Subhash, N. and G.C. Jadeja, Assessment of genetic diversity in castor (Ricinus communis L.) using RAPD and ISSR markers. Industrial Crops and Products, 32, pp 491–498, 2010.

49) Gilbert, J.E.; Lewis, R.V.; Wilkinson, M.J. and P.D.S., Caligari, Developing an appropriate strategy to assess genetic variability in plant germplasm collections, Theor Appl Genet, 98, pp.1125–1131, 1999.

50) Godwin, I.D., Aitken, E.A.B. , smith, L.W. , Application of inter simple sequence repeat (ISSR) markers to plant genetics. Electrophoresis D.B. and D.D. Pollock.1997.

51) Goryunova, S.V.; Kochieva, E.Z.; Chikida, N.N.; Pukhalskyi, V.A.; Phylogenetic relationships and intraspecific variation of D- genome Aegilops L.as revealed by RAPD analysis., Russian Journal of Genetics, 5,515.2004.

52) Gupta, M.Y.S. Chyi, J. severson, R. Owen, J.L, Amplification of DNA markers from evolutionarily diverse genome using simple primers of simple-sequnce repeats. Theor. Apple. Genet, 89, pp 998-1006, 1994.
53) Hajjar, R, and T. Hodgkin. The use of wild relatives in crop improvement: A survey of developments over the last 20 years. Euphytica. 156: 1-13.2007.

54) Hammer, K., Zur Taxonomie und Nomenklatur der Gattung Aegilops L, Feddes Rep, 91, pp.225–258, 1980.

55) Hantula, J.; Dusabenyagasani, M. and R.C., Hamelin, Random amplified microsatellites (RAMS)- a novel method for characterizing genetic variation within fungi, Eur J for Path, 26, pp.159–166, 1996.

56) Harish, T.; Gandhi, M.; Isabel, V.; Christy, J.; Watson, W.; Mallory-Smith, C.A.; Mori, N.;Rehman, M.; Robert, S.; Riera-Lizarazu, Z.O.; Chloroplast and nuclear microsatellite analysis of Aegilops cylindrica., Theor Appl Genet, 111, 561.2005.

57) Harish, T.; Gandhi, M.; Isabel, V.; Mallory-Smith, C.; Riera-Lizarazu, O.; Genetic structure of Aegilops cylindrica Host in its native range and in the United States of America., Theor Appl Genet, 119, 1013.2009.

58) Hawkes, J.G. The importance of wild germplasm in plant breeding.Euphytica. 26: 615-621.1977.

59) Hayward, M.D., N.O. Bosemark, and I. Romagosa. Plant Breeding, Principle and Prospects. Chapman and Hall. London.1993.

60) Hodgkin, T.; Adham Y.J. and K.S. Powel, A preliminary survey of wild Triticum and Aegilops species in the world’s genebanks, Hereditas, 116, pp.155–162, 1992.

61) Http://en.wikipedia.org/wiki/Polymerase_chain_reactio.

62) Hussain, A.J.; Gupta, V.; Ali, J.; Ranjekar, P.K. and E.A., Siddiq, Physiological characterization, genetics and molecular mapping of a new source of temperature sensitive genetic male sterility in rice, Fourth International Rice Genetics Symposium, 22–27, IRRI, Philippines, Abstracts p. 95, 2000.

63) Jam Baranduzi, A.; Sofalian, O.; Asghari Zakaria, R.; Asghari, A. and M., Shokrpour, Assessment of genetic diversity in Aegilops species in North-West of Iran using ISSR marker, YYU J AGR SCI, 23(2), pp.66–75, 2013.

64) Johns, M. A., P. W. Skroch, J. Nienhuis, P. Hinrichsen, G. Bascure and C. Munoz-Schick.Core pool classification of common bean landraces from Chile based on RAPD and morphological data. Crop Sci. 37: 605-613.1997.

65) Joshi, S.P. Gupta, S. Aggorwal, R. K. Ranjekar, P. K. and D. S. Brar. Genetic diversity and polylogenetic relation as revealed by Inter-simple sequence repeat (ISSR) polymorphism in the genus oryza. Theor. Appl.Genet, 100, pp 1311-1320, 2000.
66) Karaca, M. and A., Izbirak, Comparative analysis of genetic diversity in Turkish durum wheat cultivars using RAPD and ISSR markers, Journal of Food, Agriculture & Environment, 6, pp. 219-225, 2008.

67) Karimi, H. Wheat. 1stedn. Markaz Nashr Daneshgahi, Tehran, Iran. (In Farsi).1992.

68) Kazutoshi, O.; Kaoru, E.; Bayarsukh, N.; Hisashi, Y.; Genetic diversity of Central Asian and north Caucasian Aegilops species as revealed by RAPD markers., Genetic Resources and Crop Evolution, 45,389.1998.

69) Kihara, H.; Yamashita, K. & Tanaka, M.; Morphological, physiological, geographical and cytological studies in Aegilops and Triticum collected in Pakistan, Afghanistan and, Iran. In Yamashita, K. (Eds), Cultivated plants and their relatives, pp. 1-118.1965.

70) Kilian, B.; Mammen, K.; Millet, E.; Sharma, R.; Graner, A.; Salamini, F.; Hammer, K. and H., Ozkan, Aegilops. Wild Crop Relatives: Genomic and Breeding Resources: Cereals, Aegilops, Springer, pp.1-76, 2011.

71) Kimber, G. and M. Feldman, Wild wheat, an introduction, College of Agriculture University of Missouri, Columbia. 142 pp, 1987.

72) Kojima, T. Nagaoka, T. Noda, K. and Y. Ogihara, Genetic linkage map of ISSR ana RAPD Markers. Theor. Apple. Genet, 96, pp 37-45. 1998.

73) Konstantinos, G.; Penelope, T.; Bebeli, J.; Genetic diversity of Greek Aegilops species using different types of nuclear genome markers.,Molecular Phylogenetics and Evolution, 56,951.2010.

74) Kumar, L.S., DNA markers in plant development, an overview, Biotechnology Advance, 17, pp.143-182, 1999.

75) Kumar, S.; Tamura, K. and M., Nei, MEGA3: Integrated software for Molecular Evolutionary Genetics Analysis and sequence alignment, Brief Bioinform, 5(2), pp.150-63, 2004.

76) Lanham, P.G. and R.M., Brennan, Characterization of the genetic resources of redcurrant (Ribes rubrum: sub g. Ribesia) using anchored microsatellite markers, Theor Appl Genet, 96, pp.917–921, 1998.

77) Lelley, T.,satchel, M., Grausgruber,H., and Vollmann ,J. Analysis of relationships between Aegilops tauschii and the D genome of wheat utilizing microsatellites.Genome.43:661-668.2000.

78) Lian, C.L.; Zhou, Z. and H., Hogetsu, simple method for developing microsatellite markers using amplified fragments sequence repeat (ISSR), J. Plant Res, 114, pp.381-385, 2001.

79) MCGregor, C. E. Labbert, C. A. Greyline, M. M. Louw J. H. and L. Warnich, A Comparative assessment of DNA fingerprinting techniques (RAPD, ISSR, AFLP and SSR) in tetraploid potato (Solanum tuberosum) germplasm. Euphytica, 113, pp 135-144, 2000.

80) Melchinger,A.E.,Messmer,M.,Lee,M.,Woodman,W.L.and Lamkey,K.R. Diversity and relationships among U.s.maize inbreds revealed by restriction fragment length polymorphism. Crop Sci, 31:669-678.1991.

81) Meyer, W.; Mitchell, T.G.; Freedman, E.Z. and R., Vilgays, Hibridization probs for conventional DNA fingerprinting used as single primersin polymerase chain reaction to distinguish strains of Cryptococcus neoformans, J. Clin Microb, 31, pp.2224-2280, 1993.

82) Mezzena, L. Paris, A. Gimenes, M.A. Bonine, C. and C.F. Valle Identification of ISSR codominant markers in Eucalyptus grandis. Plant and Animal Genome Conference. Hotel, San Diago, pp 43-49, 2001.

83) Miceli, A. Negro, C. Tomanasi, L, Composition and variability of essential oil from Satureja cunefoliagrowing wild in southern Apulia (Sulento, Sud Italy). Flavour and Fragrance Journal, 22 , pp 161-168. 2007.

84) Miller, P.J., Parfitt, D.E., and Weinbaum, S.A. Out crossing in peach. Hort.Sci.24:359-360.1989.

85) Mohammadi, S. A. and Prasanna, B. M, Analysis of genetic diversity in crop plants – Salient statistical tools and considerations. Crop Science, 43, pp 1235-1248, 2003.

86) Nagaoka, T. and Y. Ogihara. Applicability of inter-simple sequence repeat polymorphisms in wheat for use as dna markers in comparison to RFLP and RAPD markers. Theor. Appl. Genet, 94, pp 597-602, 1997.

87) Naghavi, M.R.; Aghaei, M.J.; Taleei, A.R.; Omidi, M.; Mozafari, J.; Hassani, M.E.; Genetic diversity of the D-genome in T. aestivum and Aegilops species using SSR markers., Genet Resour Crop Evol, 56,499.2009.

88) Najaphy, A.; Ashrafi Parchin, R. and E., Farshadfar, Evaluation of genetic diversity in wheat cultivars and breeding lines using Inter Simple Sequence Repeat markers, Biotechnol. & Biotechnol, 25(4), pp.2634-2638, 2011.

89) National Turfgrass Evaluation program NTEP. National bermudagrass test NTEP Progress Rep: NO 004, USDA. Beltsville, MD, 1999.

90) Nebauer, S.G. Del Castillo-Agudo, L. and J. Segura, RAPD variation within and among natural population of out crossing willow-leaved Foxglove (Digitalis obscura L.). Theor. Appl. Genet, 105, pp 985–994, 1999.
91) Newbury, H.J. and B.V. Ford Lloyd, Estimation of genetic diversity, In: Plant Genetic Conservation, chapman and Hall. Hawkes, pp 193 – 206, 1997.

92) Peakall, R., and P.E., Smouse, GenAlEx 6: genetic analysis in Excel. Population genetic software for teaching and research, Molecular Ecology Notes, 6, pp.288–295, 2006.

93) Perrier, X., and J.P., Jacquemoud-Collet, DARwin software, http://darwin.cirad.fr/darwin, 2006.

94) Pestsova, E.; Korzun, V.; Goncharov, N.P.; Hammer, K.; Ganal, M.W.; Roder, M.S.; Microsatellite analysis of Aegilops tauschii germplasm., Theor ApplGenet, 101, 100.2000.

95) Plaschke, J., Ganal, M.W., and Roder, M.S. Detection of genetic diversity in closely related bread wheat using microsatellite markers. Theor. Appl. Genet.91:1001-1007.1995.

96) Pradeep, Reddy, M., Sarla, N. and E.A. Siddiq, Inter simple sequence repeat (ISSR) polymorphism and its applicaton in plant breeding. Euphytica, 128, pp 9-17, 2002.

97) Rahimmalek, M. Bahreininejad, B. Khorrami, M. Sayed Tabatabaei, B.E. Genetic Variability and Geographic Differentiation in Thymus daenensis subsp. daenensis, an Endangered Medicinal Plant, as Revealed by Inter Simple Sequence Repeat (ISSR) Markers. Biochem. Genet, 47, pp 831-842, 2009.

98) Rao, L.S.; Usha Rani, P.; Deshmukh, P.S; and S.K., Panguluri, RAPD and ISSR fingerprinting in cultivated chickpea (Cicer arietinum L.) and its wild progenitor Cicer reticulatum Ladizinsky, Genetics Resources and Crop Evolution, 54, pp.1235-1244, 2007.

99) Ratunparkhe, M.B. M. Tekeoglu and F.J Muehlbauer, Inter-simple sequence repeat (ISSR) polymorphism are useful for finding markers associated with disease resistance gene clusters. Theor, Appl, Genet, 97, pp 515-519, 1998.

100) Reddy, M.P.; Sarla, N. and E.A., Siddiq, Inter simple sequence repeat (ISSR) polymorphism and its application in plant breeding, Euphytica, 128, pp.9–17, 2002.

101) Rejesus, M.; Van Ginkel, M. & Smale, M.; Wheat breeder perspectives of genetic diversity and germplasm use. Wheat special report 4. Mexico D. F. CIMMYT.1996.

102) Roder MS, korzan V, Wendehake K, Plaschke J, Tixier MH, Gamal mw A microsatellite map of wheat. Genetics 149:2007-2023.1998.

103) Saeidi, H.; Rahiminejad, M.R.; Vallian, S.; Heslop-Harrison, J.S.; Biodiversity of diploid D-genome Aegilops tauschii Coss. in Iran measured using microsatellites., Genetic Resources and Crop Evolution, 1.2006.

104) Sankar, A.A. and G.A. Moore, Evaluation of inter-simple sequence repeat analysis for mapping in Citrus and extension of the genetic linkage map. Teor. Appl. Genet,102, pp 206-214, 2001.

105) Schelotter, C., Evolutionary dynamics of microsatellite DNA, Chromosoma, 109, pp.365-371, 2000.

106) semang, k. Bjornstad, and M.N. Ndjiondjop. An overview of molecular marker methods for plants. African Journal of Biotechnology, 5, pp 2540-2568, 2006.

107) Shahsavar, A.; Izadpanah, R.; Tafazoli, K. and E.S., Tabatabaei, Characterization of Citrus germplasm including unknown variants by inter simple sequence repeat (ISSR) markers, Sci Hortic, 112, pp.310-314, 2007.

108) Sharma, B.D. and D.K., Hore, Multivariate analysis of divergence in upland rice Indian, Journal of Agricultural Science, 63, pp.515-517, 1993.

109) Singh, S.K., Cluster analysis for heterosis in wheat (Triticum aestivum L.) Indianj. Genet. 63(3):249-250.2003.

110) Soleimani,V.D., Baum, B.R., and Johnson, D.A. AFLP and pedigree based genetic diversity estimates in modern cultivars of durum wheat ] Triticum turgidum L.subsp.DURUM (Desf.)Husn[.Therr.Appl.Genet.104:350-357.2002.

111) Sun, G., G. Wang-Pruski and M. Mayich. RAPD and pedigree-based genetic diversity estimates incultivated diploid potato hybrids. Theor. Appl. Genet. 107: 110-115.2003.

112) Tanksley, S.D. and S.R., McCouch, Seed banks and molecular maps: unlocking genetic potential from the wild, Science, 277, pp.1063-1066, 1997.

113) Thiel T, Michalek W, Varshney RK, Graner A Exploiting EST databases for the development and characterization of gene derived SSR-markers in barley (Hordeum vulgare L.). Theor. Appl. Genet., Vol. (106). Pp:411-422.2003.

114) Tsumura, Y.; Ohba, K. and S.H., Strauss, Diversity and inheritance of inter-simple sequence repeat polymorphisms in Douglasfir (Pseudotsuga menziesii) and sugi (Cryptomeria japonica), Theor Appl Genet, 92, pp.40–45, 1996.

115) Van Slageren, M.W., Wild wheats: a monograph of Aegilops L. and Amblyopyrum (jaub. and Spach) Eig (poaceae), Agricultural University Wageningen: the Netherland, ICARDA: Aleppo, Syria, pp.512, 1994.

116) Witcombe, J.R., A Guide to the Species of Aegilops L. Their Taxonomy, Morphology and Distribution, Rome: IBPG Secretariat, 1983.

117) Wolf, K.; Zietkiewiez, E. and H., Hofstr, Identification of chrysanthemum cultivars and stability of DNA fingerprint patterns, Theor. Appl.Genet, 91, pp.439-447, 1995.

118) Wolff, K. and M., Morgan-Richards, PCR markers distinguish Plantago major subspecies, Theor. Appl. Genet, 96, pp.282-286, 1998.

119) Zietkiewicz, E., Rafalski, A. and D., Labuda, Genome fingerprinting by simple sequence repeat (SSR)-anchored polymerase chain reaction amplification, Genomics, 20, pp.176-183, 1994.

دیدگاهها

هیچ دیدگاهی برای این محصول نوشته نشده است.

اولین نفری باشید که دیدگاهی را ارسال می کنید برای “بررسی ساختار تنوع ژنتیکی جمعیت های گندم نیای وحشی Aegilops crassa در ایران با استفاده از نشانگرهای بین ریزماهواره ژنومی و صفات ریختی”

نشانی ایمیل شما منتشر نخواهد شد. بخش‌های موردنیاز علامت‌گذاری شده‌اند *

54 + = 57